Le préfet maritime dépend directement du premier ministre. Il représente également chacun des ministres ayant des compétences en mer. Pour organiser l’action de l’Etat en mer le premier ministre dispose du Secrétariat général de la mer.
Le préfet maritime dispose pour agir d’une équipe interministérielle composée d’agents des différentes administrations (marine, douane, affaires maritimes, gendarmerie) et, grâce aux fonctions de commandant de zone maritime qu’il exerce par ailleurs, d’une organisation opérationnelle importante.
Pour exercer ses fonctions, le préfet maritime s’appuie également sur les directeurs départementaux des territoires et de la mer et leurs directeurs ajdoints délégués à la mer et au littoral, qui sont ses représentants locaux, et il dispose d’organes de concertation et d’information dont la conférence maritime et les commissions nautiques locales.
