Le préfet maritime est avant tout responsable de la sauvegarde de la vie humaine en mer. Les directeurs des CROSS ont délégation permanente de sa part pour conduire les opérations de sauvetage.
La sécurité de la navigation fait également partie de ses missions. Il détecte les situations anormales pouvant entraîner des accidents, il organise l’assistance aux navires en difficulté et, en cas de nécessité, il peut imposer à un navire qu’il estime menaçant de se faire remorquer vers un abri ou dans un port.
Le préfet maritime établit des plans d’urgence et de secours qu’il teste régulièrement par des exercices.
Le caractère international de la mer et l’éloignement des côtes favorisent le déroulement d’activités illicites en haute mer, qui peuvent affecter notre pays. Le trafic de stupéfiants ou d’armes, l’immigration clandestine et les manœuvres terroristes font partie des menaces permanentes que le préfet maritime doit parer en mer.
Le plan national VIGIPIRATE connaît en mer des développements particuliers et la vigilance mobilise sous son autorité les administrations, les ports et tous les moyens, publics ou privés, de surveillance maritime.
La sûreté en mer c’est aussi le maintien de l’ordre public, notamment lors de conflits entre pêcheurs, ou la répression des pollutions volontaires par les navires (déballastages).
Le souci d’une mer propre n’est pas nouveau et lorsque les mesures de sécurité maritime n’ont pas permis d’éviter une collision ou un accident, le préfet maritime est traditionnellement en charge de lutter contre la pollution occasionnée, avant qu’elle n’atteigne le littoral.
Devant la pression de plus en plus importante des activités humaines sur la bande marine côtière, le préfet maritime a reçu une responsabilité dans la régulation de ces usages afin de permettre leur compatibilité avec le maintien de la qualité du milieu marin. Pêche, rejets de déblais de dragage des ports, extraction de sables et de graviers marins, implantation d’éoliennes en mer, autant d’usages qui s’appliquent à un milieu fragile et à la régulation desquels le préfet maritime doit participer.