
Lorsque les mesures de sécurité maritime n'ont pas permis d'éviter une collision ou un accident, le préfet maritime est en charge de lutter contre la pollution avant qu'elle n'atteigne le littoral.
La loi adoptée par le Parlement le 22 juillet 2008 aggrave la sanction pour les pollutions volontaires, en multipliant par quinze l'amende encourue pour ces infractions. Cette amende, qui varie généralement entre 100 000 et 800 000 €, peut désormais aller jusqu'à 15 M€. Cette nouvelle loi supprime également les peines d'emprisonnement pour les capitaines de navires battant pavillon français en cas de pollution provoquée par imprudence, ce qui était déjà le cas pour les capitaines de navires étrangers.
En ce qui concerne les pollutions volontaires, et conformément à la loi antérieure, leurs auteurs encourent jusqu'à 10 ans d'emprisonnement, en plus de l'amende. Outre celle du capitaine du navire, la responsabilité du propriétaire, de l'exploitant ou de toute autre personne exerçant un contrôle dans la gestion ou la marche du navire peut être recherchée. La juridiction du littoral maritime spécialisée à Marseille est compétente pour les pollutions commises dans les eaux territoriales et au sein de la zone de protection écologique (ZPE). Les informations recueillies par les aéronefs de la Douane et de la Marine nationale sont transmises au CROSSMED. En cas de flagrant délit de rejet illicite (8 en Méditerranée depuis la création de la ZPE), le navire incriminé peut être dérouté vers un port et immobilisé. Il ne peut alors reprendre sa route que contre le versement d'une caution, conformément à l'article L 218-30 du code de l'environnement. Les progrès dans la surveillance et la répression des rejets illicites s'inscrivent dans une perspective juridique, réglementaire et opérationnelle européenne.
Le préfet maritime est également responsable de la régulation des activités humaines sur la bande marine côtière afin de maintenir la qualité du milieu marin. Pêche, rejets de déblais de dragage, extraction de sables et de graviers marins, implantation d'éoliennes, autant d'usages qui s'appliquent à un milieu fragile et à la régulation desquels le préfet maritime doit participer.
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